La Gran Flota ha salido desde Sidonia rechazando con dificultad al renacido científico Ochiai, pero la segunda flota de ataque quedó catastróficamente dañada debido al ataque de la Colonia y se desconoce el paradero de Tsumugi. Además, la primera flota de ataque y las Colonias están por entrar en contacto. ¡Nagate ha salido a pelear en el guardián Yukimori, Mark XX, dejando a la defensa de Sidonia a Kunato!