Año 2017. La humanidad ha sido exterminada. Chaldea, la organización para la preservación del orden humano, determina que el origen de dicha singularidad se encuentra en el año 2004, en una ciudad de Japón llamada "Fuyuki". Para prevenir este nefasto destino, Chaldea envía a sus agentes a dicha región del tiempo pasado por medio del Rayshift. Aquí comienza el solitario combate de Ritsuka Fujimaru y Mash Kyrielight para salvar la historia de la humanidad.